耕雲寺（こううんじ）とは、長野県埴科郡坂城町南条に存在する寺院である。宗派は曹洞宗。
戦国時代の天文年間（1532年から1555年）に武田信玄が元家臣で僧侶に転身して諸国を行脚していた巌松乾巨を開山にして創建した寺院である。巌松は天文18年（1549年）に南条に庵を結び、4年後に長尾景虎と初めて川中島の戦いで対峙する際にここに立ち寄り、主従の再会を喜んで堂宇を建立したという。
境内の広さはおよそ8300平方メートル、150メートルほどの参道には樹齢300年以上の杉の大木が存在する。寺宝に武田信玄直筆の書状などがある。