本圀寺（ほんこくじ）とは、京都市山科区にある日蓮宗の四大本山の寺院。六条門流の拠点。
1253年（建長5年）に日蓮が鎌倉市に松葉ヶ谷（まつばがやつ）の草庵を創建したのを起源とする。1345年（貞和元年）に室町幕府の初代将軍の足利尊氏の帰依を受けて京都市の六条堀川に移った。朝廷（天皇家）からも信仰されていた。1971年（昭和46年）に京都市山科区に移転。
