兵庫奉行（ひょうごぶぎょう）とは、江戸幕府における奉行職の1つであり、遠国奉行の1つである。老中支配。
摂津国兵庫に設置された奉行で、主に幕末の開港後の外国との貿易に関する事務を職務とした。元治元年（1864年）に設置されたが、翌年には廃止された。
慶応3年（1867年）に再度設置され、幕府滅亡まで存続した。大政奉還後は兵庫裁判所に移行し、次いで1868年7月に兵庫県となり、伊藤博文が初代知事に就いた。