呼吸(こきゅう)は、生物が生存するためにエネルギーを得るための行動である。
肺を有する陸上動物は、鼻や口から空気中の酸素を吸い込み、肺に達して解糖系、クエン酸回路、電子伝達系を経て二酸化炭素を排出する(細胞呼吸)。水中動物や植物はまた異なった経緯を辿る。
高等生物と同じ酸素を用いる好気性細菌と酸素を用いない嫌気性細菌がいる。嫌気的細菌の中には酸素が存在する条件では生存できない種類も多い。