二上山博物館（にじょうさんはくぶつかん）とは、奈良県香芝市藤山1-17-17の香芝市ふたかみ文化センター1Fに存在する博物館である。
香芝市役所の向かいのふたかみ文化センターの1階にある博物館で、日本でも珍しい石の博物館である。石器やその加工に使用されていたサヌカイト（讃岐石）、凝灰石、金剛砂の3種類の石にスポットを当て、旧石器時代と二上山をめぐる香芝市の歴史について紹介している。