箱館奉行（はこだてぶぎょう）とは、江戸幕府における奉行職の1つであり、遠国奉行の1つである。東蝦夷地の行政、並びに海岸などの防備を職務とした。享和2年（1802年）に蝦夷奉行（えぞぶぎょう）から箱館奉行に改称された。文化4年（1807年）に松前奉行（まつまえぶぎょう）に改称される。文政4年（1821年）に廃止された。安政元年（1854年）、日米和親条約による箱館の開港により再設置された。老中支配。