熊野水軍(くまのすいぐん)は、平安時代末から戦国時代にかけての海上戦闘集団。
紀伊半島南東部、熊野灘、枯木灘の周辺を活動拠点とした。活動した熊野水軍が、舟を隠した場所に段壁洞窟がある。九鬼嘉隆は熊野水軍の出身と言われる。「熊野海賊」とも言われる。
『平家物語』巻第11に、平家が劣勢になると寝返り、熊野別当湛増が2200余艘の舟に2000人余りが乗り、源義経軍に加勢し屋島、志度、壇ノ浦に転戦して軍功を立てたとされる。