水素エンジン（すいそえんじん）とは水素を燃料に用いる内燃機関のことである。
排気ガスは水であり炭酸ガスを出さない。しかし、水素の製造工程で炭酸ガスを出す。
窒素酸化物や過酸化水素を排気ガスとして出す。
日本では、マツダがロータリーエンジンの燃料として開発を進めていた。その後、JR東海が鉄道車両向けに、燃料電池と並行して30年後の実用化を目処に開発を進めている。