小石川薬園奉行（こいしがわやくえんぶぎょう）とは、江戸幕府の役職の1つである。若年寄支配。享保の改革の際、徳川吉宗によって享保6年（1721年）に設置され、小石川薬園（現在の小石川植物園）の管理を職務とした。岡田氏、小野寺氏などが世襲で管理した。享保7年（1722年）には園内に小石川養生所を併設している。