本栖湖の水中遺跡（もとすこのすいちゅういせき）とは、本栖湖の湖底から発見された遺跡。
平安時代のものと古墳時代のものが発見されている。
富士山の噴火により本栖湖の水位が上昇して水中に没したとされている。