水主神社(みずしじんじゃ)とは、香川県東かがわ市の神社。
水主神社は県の自然環境保全地域に登録されている。
この神社では弥生時代や古墳時代に作られたと思われる土器が出土している。そのため、宝蔵庫には多くの文化財が貯蔵されている。