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巣箱とは、おもに営巣用（繁殖用）の人工の巣である。通年使用されることは少ないが、ミツバチやイエコウモリのような例外もある。
とはいえ、ミツバチのように商業利用されるものを除くと、生態系の中の繁殖環境を保全することを優先されたい。
昆虫、爬虫類、鳥類、まれに哺乳類の巣箱がある。