ヤマトよ永遠にとはアニメ宇宙戦艦ヤマトシリーズの中で最大級の号泣映画である。
地球の防衛は無人化されていた。暗黒星団帝国の攻撃を無人艦隊は食い止めることができず、地球は暗黒星団帝国に占領されてしまう。
ヤマトは敵の母星を攻撃するために発進する。
コスモタイガー隊の活躍や、新開発の波動カートリッジ弾が意外な程の威力を発揮したことにより、ヤマトは敵の母星に到着するのだが。