海洋保護区（MPA、Marine Protected Area）は、環境省の定義によると海の生態系保全を目的とした自然保護区の一般的な呼称とされる[1]。
環境省が指定した海洋の保護区域や漁業組合が資源を守るために設けた保護区域、禁漁区域など海洋保護区は幅広く設けられている。
2023年3月4日には国際連合の政府間会合で国家管轄権外区域での生物多様性の保全と持続可能な利用に関する条約（国連公海条約、High Seas Treaty）にもとづき、公海にも保護区を設けること草案が作成された[2]。