三箇 頼運（さんか よりかず、天文23年（1554年） - ?）は、戦国時代から安土桃山時代にかけての武将。豊臣氏、のち筒井氏の家臣。
三箇頼照の子。通称は孫三郎。受領名は伯耆守。父と同じようにキリシタンだったようで、マンショという洗礼名が伝わっている。
文禄4年（1595年）の秀次事件で父と母が連座して2人とも自殺しているが、頼運は連座を免れたようで伊賀国の筒井定次の家臣になっている（『切支丹大名記』）。