ビワコガタスジシマドジョウとは、コガタスジシマドジョウの亜種である。
L1の間隔は小さい。L5は縦条。
尾鰭付け根の黒紋は、上は明瞭だが、下部は不鮮明。
骨質版は円状。
オオガタスジシマドジョウに似るが、オオガタの尾鰭付け根にある黒紋は両方とも鮮明で接触する。
名前の通り、琵琶湖に分布する。
南部では絶滅状態である。